本中心实行中心主任负责制，中心的各实验室和实训基地实行专人负责管理，实行人才流动，竞争上岗，定期考核的管理机制，突出规范管理、强化绩效考核、确保开放有序。中心在执行学校各项实验室管理规章制度的基础上，针对中心所属各实验平台实际情况制定实施了一系列切实可行的规章制度，包括实验室管理制度、实验教学规范、实验室人员岗位职责、工作考核奖励细则、大学生创新实践基地管理办法、大学生科技创新自主项目和学科竞赛管理办法等。另外，为调动教师积极性，学校为中心进一步健全了激励制度，独立设立实验人员岗位聘任和岗位津贴制度；对教学立项、申报教学成果给予优先考虑；在职称评定上对实验室技术人员给予政策性倾斜等相关措施，有效调动了实验教师的工作积极性。此外，为创办高水平综合性大学，进一步提高学生实践能力、创新能力，三江学院还制订了《三江学院实验教学示范中心建设管理办法》、《三江学院教学实验室开放管理办法》、《三江学院实验教学管理暂行规定》、《三江学院实验室工作条例》等一系列实验教学管理文件。中心在结合学校各项管理文件的基础上又制定了相关中心管理文件，并认真贯彻实施，从不同的侧面与角度来规范实验教学的指导性文件，对加强实验教学，提升教学质量，培养学生的实践与创新能力均起到了决定性的作用。为适应学校信息化建设快速发展的需要，中心通过借助现代化信息技术的优势促进实验教学等各项工作的全面发展，建设的核心是将实验教师资源、实验课件、教学软件、实验室仪器设备等采用现代化的手段加以科学管理和有效重组，让有限的资源发挥最大的效益，实现实验教学示范中心的现代化、开放化和高效化。校企合作实验基地负责人由企业负责人与学校主管教师共同担任，基地所承担的课程、培训和实习等方面均由校企双方共同制定详细的计划和实施方案，形成完备的教学档案。

对单价10万元以上的仪器设备配备专人管理，并做好技术档案。技术档案包含有：论证报告、订货合同、安装验收报告、维修记录、使用记录等，年使用机时可以从原始记录本上统计。低值仪器设备根据“中心”每位管理人员的岗位职责，每一台设备也都落实代具体人员管理，达到仪器设备(固定资产)完好率大于95%；仪器设备的固定资产帐、物、卡相符率达到100%，单价低于800元的低值耐用品的帐、物、卡相符率不低于90%。

教学运行机制，实验课实行课程负责人制，责任人负责实验课的建设和改革，实验教学任课教师要积极进行实验教学内容方法手段的改革，主动参与实验室建设，中心要为实验教学改革提供条件和良好服务。在具体运行上，中心对实验课程的开设进行规范管理，要求具备完善的教学档案，并填写开课指南在开课前向学生发布。课程档案有专人管理，及时检查和修订。

经费投入机制：学校根据建设和发展需要对中心单独下拨建设经费，经学校审批后，主任负责经费分配、使用。中心自主创收的经费投入参照学院的相关规定实施。

对外开放机制：中心计划内教学任务应服从总体教学计划安排。在完成教学任务的前提下，积极向学生、教师和社会开放，开放服务收入作为运行经费补助。中心为充分利用先进设备和技术为教学和社会服务，面向校内外的学生和社会资源开展各类培训和开放性实验。 

在信息化平台的搭建方面，本中心充分利用中心网站共享实验教学资源，如实验课教学计划、实验课教学视频、多媒体课件、多媒体课件介绍等丰富的网络数字资源。中心还利用学校成熟的网络环境 “爱课程”平台和天空教室，建设了一批在线网络课程和MOOC/SPOC课程，对学生进行开放共享。