三江学院日语系创立于1996年，2000年成为日语系。2002年申报“日语”本科专业获教育部批准。在读学生300余名。2006年5月日语专业高分通过日本语言文学学士学位授予资格的评审。日语系设有日语专业，旨在培养具有扎实的日语语言技能、良好的日语文学和文化素养以及丰富的相关学科知识的日语专门人才，设有语言文学、商务和翻译方向。
日语系有一支爱岗敬业、学历层次高、教学经验丰富的12人组成的专职教师队伍。有4名日籍专职外教担任作文、口语、文学史以及古典文法等课程教学工作。此外，还有一支来自南京各重点高校的30人左右的兼职教师队伍。日语系基础阶段的专业课绝大多数都由以上的资深教授、副教授，以及水平很高的讲师担任。
三江“日语”专业在课程设置上保持大学本科教育的应有层次和规格，在注意培养学生具有较好的语言、文学修养的同时，特别注重学生的实践能力培养，在国内和日本建立了多个实习基地，每届学生中将近50%的学生有机会去日本学习、实习或参加夏令营活动，直接接触日本社会、语言与文化，这在全国日语专业中屈指可数，构成了鲜明的特色。
日语系学生日语专四、专八每年的通过率都在60%左右，每年都有学生在市级、省级、华东区级以及全国的“日语演讲大赛”上获得奖项。
教学质量的保证、办学的实际成绩，使得三江日语系出现了招生火爆，就业可喜的局面（每年的就业率都在95%以上），三江学生访问日本期间，所到之处均受到日本当地行政长官的接见，日本媒体也做了跟踪报道，影响很大。中国唯一一家对日官方杂志《人民中国》全文刊载过三江学生的文章，表彰过三江日语专业在参与中日交流方面的贡献。日语系经历20多年的发展，已培养出一大批高水平日语人才，得到了日语界同行、社会以及有关用人单位、家长等各方面的一致好评。