高等教育研究所成立于2005年，前身为学校1999年创办的发展规划研究室。创建之初，高教所兼办学校综合性学术期刊《三江学院学报》的编辑出版工作，2010年正式独立。高教所主要职责如下：
1、负责校、省、国家三级教育科学研究项目管理；
2、负责省、国家两级教育技术研究项目管理；
3、负责省高教学会和应用型高校分会下达的项目管理；
4、组织开展校级教育科学研究，服务本校教学改革；
5、组织开展省级、国家级教育科学研究成果奖申报工作；
6、负责与其它高校、高教研究机构业务联系与合作共建；
7、完成上级交办的其它工作。